在生產中，造成無菌動物隔離器污染的原因多樣，每一次可以與外界接通的操作都是一次威脅，開啟隔離器的操作不規范、傳遞的物資消滅不*、隔離器的破損、過濾器的失效等都會導致隔離器內的無菌狀態被破壞。污染菌的大致分布特點表現為霉菌多見于潮濕溫和的季節，抗逆性強的芽孢桿菌多見于滅菌不*，球菌等污染則多見于隔離器的破損。

  在使用無菌動物隔離器時，放置在隔離器中的所有耗材都必須是無菌的。對于可用高溫高壓濕熱滅菌法滅菌的物品可通過利用滅菌缸與隔離器對接的方式傳入。滅菌缸在組裝時，需要使用多層濾膜包裹可透氣的側面，傳入物資后則需要用聚酯薄膜密封住頂部開口。生產過程中，需要有經驗豐富且訓練有素的人員對動物和設備進行仔細的評估，有序安排工作以減少打開隔離器的次數，及時發現和更換易老化的組件等，盡可能減少污染可能性。